里昂有两个主要火车站：Gare de la Part-Dieu站（地铁Part-Dieu站）位于罗讷河以东1.5公里处，运营所有的长途火车；Gare de Perrache站（地铁Perrache站）位于Presqu^ile，逐渐变成了地区性车站。许多长距离火车在两个车站都停。只有少数地方性火车在里昂的Gare St-Paul站（地铁Vieux Lyon站）停留。