我感觉行程比较紧的，瑞芳到九份公车大概20分钟，如果光玩九份和金瓜石应该能搭上晚班车回台北的，如果在瑞芳还想玩平溪线的话就在九份住下吧，九份山海夜景还是蛮独特的。

个人建议你住九份，享受不一样的宁静和夜生活，还可以去侯桐和平溪逛逛，当天赶回台北意义不大。