建议第一天可坐20路去紫金册天文台，而后坐20路去明孝陵，而后游玩中山陵、无梁殿（灵谷寺），，再坐202路去夫子庙。晚上住在夫子庙附近，第二天可步行至中华门，再坐202路去雨花台，之后坐202路去总统府，而后坐95路去湖南路，南京大牌档。第三天可坐304路去鸡鸣寺，而后坐地铁3号线转2号线去侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆（请不要使用不合适的缩略词），之后返程。

D1：游玩钟山风景区，包括明孝陵、中山陵、无梁殿。中山陵，乘坐地铁2号线，在苜蓿园站下车，步行至公交卫桥站乘坐 203路(或 20路, 315路), 在中山植物园站下车，就可游玩明孝陵了，埋着孙权的梅花山也在景区内。在景区内你可询问下工作人员，可步行至中山陵参观中山。无梁殿在灵谷寺，中山陵到灵谷寺可至 中山陵东站乘坐观光车4号线, 在灵谷寺景区站下车，也可在中山陵站，乘坐观光车5号线, 在灵谷寺景区站下车。 晚上回市区，可至夫子庙看看，或者1912酒吧街也可以。 D2：游玩总统府、夫子庙、中华门、雨花台和南京大屠杀遇难同胞纪念馆。总统府，乘坐地铁3号线，在大行宫站下车，步行700米左右就到总统府了；完后地铁3号线到夫子庙站下，游玩夫子庙，品尝秦淮小吃，然后在瞻园附近的中华路·瞻园路站乘坐49路(或 16路, 2路), 在中华门城堡站下车，游玩中华门城堡；后在中华门城堡站乘坐 202路, 在雨花台南大门站下车，即可游玩南京雨花台风景区了。游完估计该是雨花台北门出的，有时间可去南京大屠杀纪念馆，可步行至地铁1号线中华门站，乘坐地铁1号线, 在新街口站下车，站内换乘地铁2号线(油坊桥方向)， 在云锦路站下车，就可到侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆参观了。 感觉时间紧的话，可把游玩夫子庙放在晚上，如果不进入夫子庙、瞻园之类的话建议放晚上，如果第一日已游过的话，也可去湖南路狮子桥步行街。 D3：鸡鸣寺、紫金山天文台、湖南路/狮子桥步行街。鸡鸣寺，附近有公交11路、 20路、24路、48路、67路，站台是北京东路·鸡鸣寺站，或乘坐地铁3号线，鸡鸣寺站下车，不过有段距离的。然后乘坐 20路, 在紫金山索道站下车，爬山，登上紫金山，可参观紫金山天文台了；参观后下山，返回公交20路紫金山索道站，在北京东路·鼓楼站 下车，转乘3路, 到湖南路站下车，去狮子桥步行街品尝小吃吧。 大致安排这样，最后1天可能宽松些，有时间可就近到玄武湖边走走看看，免费的景点，离南京火车站也不远的。 另不知你写的“南京大牌格”指的是否南京大排档店，吃小吃的，那个在夫子庙和湖南路都有（夫子庙平江府店：秦淮区大石坝街48号；夫子庙水平方店：秦淮区建康路3号水平方6层；南京狮子桥店：湖南路狮子桥2号）。 还有，你游玩的景点中，明孝陵、灵谷寺、总统府、中华门、紫金山天文台、鸡鸣寺都是有门票的，如果可以，建议购买下南京园林一卡通，这些都包含在内了。

D1：乘坐地铁2号线前往云锦路站，游览南京大屠杀纪念馆，然后前往雨花台景区。晚上可以乘坐地铁1号线前往三山街，步行前往夫子庙秦淮河夜景，晚入住酒店（建议住在新街口附近，地铁换乘站，方便出行） D2 ：一早乘坐地铁2号线到下马坊下车前往钟山风景区，中山陵是免费开放的，大概游览一个半小时。然后步行至景区停车场乘坐公交车前往南京博物院（需要提前在网上预约，强烈推荐去看一看民国馆）如果没兴趣直接去总统府游览，下午有时间还可以游览斜对面的江宁织造博物馆，晚上在1912街区用晚餐。 望采纳，谢谢。