东京可以直接坐新干线到横滨。然后从横滨直接坐新干线到京都。如果想泡温泉，也可以住一晚的。

东京到大阪建议坐新干线，在新大阪下，时间为2个半小时，票价在13620日币左右，大阪到京都的移动非常方便，车次很多，选择广泛，一般半个小时就到了。个人觉得没有必要住在横滨，但非常推荐在热海住一晚，热海是著名的温泉疗养胜地，一定要选个日式的温泉旅馆。