第一天早上起来去玄武湖，然后去南京博物院，总统府，晚上去夫子庙，第二天中山陵明孝陵，南京大屠杀纪念馆

第一天上午去总统府以及南京博物馆，下午去大屠杀纪念馆，晚上夜游夫子庙；第二天去上午去中山陵以及明孝陵，下午去玄武湖，顺路就可以到车站，准备回程。 景点之间地铁就可以到达，无需公交车，而且第一天侧重历史游，第二天侧重古迹游。

两日游足以，根据自己情况决定。

建议第一天：先坐201路去中山陵、明孝陵，而后坐201路去总统府，而后坐地铁3号线去夫子庙，晚上住夫子庙附近。第二天可坐202路去南京博物院，而后坐201路到鸡鸣寺下车，从解放门入玄武湖游玩。