都可以。 持申根签证，可以从任意一个申根口岸入境和出境。而且，申根国家边防也不会管您是回上海，回南京还是去香港，只要是离开申根国境回国便可。 不过也要提醒一下，任何申根口岸的边防人员都有权检查您的护照、签证、保险以及其它旅行文件，也有可能询问您的入境目的、停留期限，要求您出示回程机票等等。

还有个问题, 持捷克的旅游签证, 能从德国法兰克福入境吗?