菲律宾对于持有申根、澳大利亚、美国、加拿大或日本任意一种有效签证的中国因私护照持有者，或者持香港或澳门特区护照的中国公民是可以免签入境的。 　　但是你的日本签证是更新中不属于有限签证，是不能免签入境的。

持日本有效签证入境菲律宾没问题，提前把护照首页和签证页弄个复印件！