机票对应的是去目的地的证件，我理解应该是用台湾通行证订机票，因为入境检查中国大陆公民使用通行证和入台证。不过最好问一下航空公司，上台湾入境处网站查询一下，会比较清楚。

从马来西亚飞台湾，用护照订机票就行。你是想问用护照还是入台证是不是？用护照

都可以的，你把通行证和护照都带上，能对上就可以的

在台湾中转可以用护照出入境和定机票，不过你即然有台湾通行证和入台证就用通行证和入台证出入境及定票吧。