可以从京都站的巴士中心乘坐巴士去神户，包括有马温泉。

第一，JR在京都站直接乘坐京都神户线到神户三宫站，单程需要50分钟，大概1300日元。 第二，乘坐新干线从京都站至新神户站，30分钟，自由席2730日元。但需要在新神户站换乘JR线到三宫站。 第三，搭乘阪急电铁，在乌丸站乘坐阪急京都/神户线，到神户三宫站，大约需要1小时，600日元。

京都jr战售票处直接买票

JR列车可以的，而且比较便宜