阜阳到南京没有动车，而且还有两头到车站的路程，如果可能的话，建议自驾。但有个问题。南京儿童医院的广州路院区我还是比较熟悉的，平常是较为拥堵的，停车不算方便，可能要停到附近去。 另外：南京儿童医院的许多科室已搬到河西了，不在广州路了，河西那边停车较为方便，请您确认下。

坐火车，两头都需要打车或公交，而且比较费时间，开车稍微有点远，但应该更方便。