你好，根据菲律宾入境部门的相关规定：持中国普通护照及申根、澳大利亚、美国、加拿大或日本任意一种有效签证者，可免签证进入菲律宾停留7天。 免签不用办理任何入境手续，不用缴纳任何费用。 如果你只是短暂停留3小时之内，建议走中转通道，省去入境的麻烦。

不是已经写明白了，这次转机是转航站楼的，所以要在马尼拉入境菲律宾的。 购票系统不知道你有有效期内的日本签证，所以提示。 根据菲相关规定，持有效澳大利亚、日本、加拿大、申根国家或美国签证的中国游客可免签入境停留7日，但仅限旅游目的。中转乘客只允许在机场限定区域停留，不得入境。