中山陵和海底世界都在钟山风景区里面，这两个可以安排在一天。 玄武湖和动物园分别在南京站的南北两侧，可以安排在同一天。 南京有两个科技馆，分别是江苏科技馆和南京科技馆，其中南京科技馆交通较方便，就在南京南站附近，虽然不邻近地铁站，但是从南京南站出发坐几站公交车就到了。而夫子庙也离南京南站不远，可以和科技馆安排在同一天。 栖霞寺在郊区，和其它景点离得都比较远，可以考虑单独一天。

第一站：如果乘坐高铁在南京站下车，南京站离玄武湖很近，就可以在玄武湖附近住宿。建议游玩：2-3小时，门票：免费，游览线路：中山顾影—姊妹桥—台菱花架—姊妹桥—台菱桥—南京城墙景区。 第二站：夫子庙，玄武湖—夫子庙：地铁3号线，30分钟（5.0公里）| 步行1.5公里 | 2元 ，游玩时间一天，住宿在夫子庙周围。打卡景点： 1、学宫；2、大成门；3、大成殿；4、中心庙院；5、泮池；6、照壁； 7、乌衣巷；8、江南贡院；9、明远楼；10、秦淮河；11、美食街——夫子庙美食街；12、石栏；13、文德桥； 第三站：夫子庙—科技馆：33路 ，37分钟（5.7公里）| 步行826米 | 2元 第四站：夫子庙—中山陵：202路，1小时11分钟（12.7公里）| 步行1.8公里 | 2元 ，建议游玩时间：4-6小时。 第五站：中山陵—海底世界（公交旅游专线27分钟（2.3公里）| 步行990米 | 2元 ）—红山动物园：34路新街口站转乘地铁1号线 ； 第六站：动物园—栖霞寺： 1小时11分钟（15.3公里）| 步行1.5公里 | 5元

不知道你说的是哪个科技馆，这里默认为雨花区的那个南京科技馆。 建议第一天先去中山陵、海底世界，这两个景点比较近的，而后去夫子庙，晚上住夫子庙附近，品尝秦淮小吃，夜游秦淮河。 第二天可以坐地铁3号线去红山动物园，而后坐地铁1号线到玄武湖公园，晚上去狮子桥美食街。 第三天早起，坐地铁去南京火车站，坐公交206、207路去栖霞山，返程后坐地铁1号线至花神庙站下，转19路、98路至紫荆花路（南京科技馆）站，即科技馆北门；这天行程较紧，时间多的话，可以多留一天。