娜姑镇位于会泽县西部，东距县城22.8公里，东接金钟镇、五星乡；南邻大海乡；西濒小江和金沙江，与东川区及四川省会东县隔水相望；北与老厂乡和巧家县蒙姑乡接壤。镇境内东西最大横距17公里，南北纵距30公里。娜姑镇土地总面积264.9平方公里，其中：坝区25平方公里，占土地总面积的9.5％；山区239.9平方公里，占90.5％。西部边缘为小江断裂带和著名的蒋家沟泥石流区域。

由于受小江、金沙江的强烈切割，河谷部分岩层垂直裂隙，形成深邃峡谷。整个地势由东北向西南倾斜，呈阶梯式下降，形成三级阶地的小坝子：拖车坝子；娜姑坝子；干海子坝子。境内最高海拔2896米（白龙潭粱子），最低海拔695米(小河口)，相对高差2201米。

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