唐末，兴教寺因战乱被烧毁，唯一幸存的是玄奘和他两位弟子的舍利塔，东边是玄奘上坐弟子圆测的舍利塔，西边是玄奘另一位上坐弟子窥基的舍利塔。玄奘弟子有上千人，怎么唯独这两人能享有此等荣誉，这里还有一段有趣的故事。

传说玄奘从印度回来后，就在慈恩寺内潜心译经，尽管他不分昼夜地工作，然而单靠他一人何年何月才能译完600多部经卷呢？于是玄奘决心物色几个有志于佛学研究的人，能将自己的事业继承下去，一天玄奘在安上散步，偶然遇到一位气度不凡的少年，经寻问，得知他是唐开国元勋尉迟恭之侄。玄奘决心收他为徒。太宗知道后，赐他道法名窥基。他聪慧好学，刻苦钻研佛经，很快学会了梵文，他不但成为玄奘译经的得力助手，而且撰写了多部佛学著作。

玄奘从印度取经回来以后，倾注全部心血译经19年，公元664年圆寂于玉华宫。遗体运回长安，安葬在西安市东郊白鹿原上。白鹿原地势很高，在皇宫内的含元殿就能看到。唐高宗非常敬重玄奘，将其奉为国宝，为他的去世曾经举朝致哀。诏令将玄奘的遗骨于总章二年（669年）迁葬到长安以南的少陵原上，同时修建寺院，以资纪念。寺被命名为“大唐护国兴教寺”，为唐代樊川八大寺院之首。唐肃宗为玄奘的舍利塔题写了塔额“兴教”二字，寓意大兴佛教。之后千余年间，几度枯荣，历尽沧桑。

兴教寺内其他建筑于清同治年间悉被兵火焚毁，幸存玄奘和两个弟子的舍利塔。三塔呈山字形排列，中间最高的一座是玄奘灵塔，造型庄重稳固，装饰简洁明快，是中国现存较早的一座仿木结构楼阁式砖塔。塔身通体用青砖砌成，作四角锥体，高21.04米，共5级，平面呈正方形，底层边长5米。 二层以上塔心实砌，玄奘塔造型庄重稳固，装饰简洁明快，是中国现存较早的一座仿木结构楼阁式砖塔，在中国建筑史上占有相当重要的地位。塔的底层北壁镶有唐文宗开成四年（839）刻的刘轲撰文《唐三藏大遍觉法师塔铭并序》。塔底层南面有拱形券洞。龛内有玄奘的泥塑像。玄奘塔左右各有较矮小的砖塔一座，均高7米，都是3级，底边长2米，分别为玄奘弟子窥基（西）和新罗王之孙圆测（东）的灵塔，造于公元682年和公元1115年。

注:窥基原名尉迟洪道，是尉迟敬德的侄子，17岁出家拜玄奘为师，唐太宗赐他法号窥基。他聪慧好学，很快就能帮助翻译经文。50岁时，去世在译经院的书案旁边。

圆测是新罗（朝鲜）王的孙子。随遣唐使来到长安，他精通梵语，熟悉汉文，后拜玄奘为师，是唯识宗的继承人之一，临终前，嘱咐弟子将自己陪葬在师父的舍利塔旁。

兴教寺自建成至今千余年间，几度枯荣，历尽沧桑。建寺约百年之后，即“塔无主，寺无僧”。唐文宗太和二年（828），重修塔身。清同治年间（1862——1874）遭兵燹，除三座舍利塔外，全寺付之一炬，几成废墟。1922年寺僧募修大殿、僧房十余间，又先后由朱子桥、程潜增建及修葺塔亭、大殿、藏经楼、山门等，并补修了三塔。新中国成立后，政府两次拨款整修。1982年以来，又进行了全面修缮、增建。1983年，兴教寺被定为汉族地区全国重点寺院。现兴教寺主要建筑有：山门、钟鼓楼、大雄宝殿、法堂、禅堂、藏经楼等。

玄奘塔为砖造，总高21米，五层，平面方形，仿楼阁式。底层边长5.2米，每层檐下皆用砖做成简单的斗拱。斗拱上面，用斜角砌成“牙子”，其上再加叠涩出檐。第一层塔身经过后代修缮，已是平素的砖墙，没有倚柱；而以上四层则用砖砌成八角柱的一半的倚柱，再在倚柱上隐起额枋、头拱。塔内有小方室供奉玄奘塑像。底层较高，以上各层依次收减。因是墓塔，所以除层外，其上四层概不能登临。玄奘法师舍利塔高七丈，共五层，底层拱洞内有 玄奘法师塑像。塔背嵌有《大唐三藏大遍觉法师塔铭》的碑刻，因亦称大遍觉塔。与玄奘法师墓塔呈山字形的左右两侧，各有一座三层塔，均高一丈五，为其两大弟子慈恩大师窥基和西明大师圆测舍利塔 。

玄奘塔立于兴教寺塔院正中，塔背嵌有唐文宗开成四年(830年)篆刻的《大遍觉法师塔铭》。左边的陪侍塔中，安葬着他的弟子圆测法师灵骨；右边的陪侍塔中，安葬着他的另一位弟子窥基法师灵骨。