米克诺斯考古博物馆是在1902年建立的。这座博物馆主要是为了保护当年从净化坑里留存下来的遗迹，这就要追溯到史前426年到425年了。这个深坑是在1898年的时候从风景如画的Rheneia岛中被挖掘出来的。博物馆高雅的建筑风格是由著名的建筑师 Alexandros Lykakis设计出来的。而整座博物馆的建筑费用是由教育机构与雅典的考古学会共同赞助的。