黑河，古称弱水。为发源于祁连山北麓的季节性河流。因水道浅宽且多沙，当地人不惯造船，用皮筏摆渡，古人往往以为水弱不胜舟楫，故称“弱水”。

黑河入境后称额济纳河，流程250多公里，河道平均宽150米左右，正常水位1.5米左右，平均流量200 ~ 300立方米/秒之间。额济纳河过狼心山分水闸后分为东、西河，进入额济纳三角洲又分支19条。

境内河网总长度为647公里，流域面积7.07万平方公里，平均河网密度为0.0092公里/平方公里。地下水主要靠黑河补给，水力坡度在1/1000～1/2000之间。地下水位变化受入境水量制约而上升或回落。

上世纪80年代由于上游修建水库，隔断了黑河水源，致使大批胡杨死亡。2000年，国务院决定实施黑河水量统一调度，向额济纳绿洲和居延海集中输水，使干旱多年的额济纳绿洲得到有效灌溉，地下水位明显回升，部分濒临死亡的胡杨以及消失多年的甘草和芦苇等植物又开始复苏，曾经的沙尘源额济纳重新焕发出勃勃生机。