形态的不同：秦岭大熊猫的头骨比四川大熊猫短四厘米；

牙齿的不同：秦岭大熊猫的牙齿大，牙床宽；四川大熊猫的牙齿小，牙床窄；

毛色的不同：秦岭大熊猫的上腹部毛为深棕色，下腹部为棕白色，所以整体偏棕色；四川大熊猫上腹部为黑色，腹部为白色，下腹部为白色，所以整体黑白色比较分明。