长沙南站站房分为五层，从上到下分别是候车大厅层、站台层、出站层、 地铁站厅层、地铁站台层。唯一的进站通道在站台层。乘公共交通的旅客下车后，通过落客平台南北两个自动扶梯，上落客平台进站；自驾车或乘出租车的旅客可直接到进站口处落客平台下车进站。进站口设置了7台安检仪，同时开启，每小时可供5000名旅客进站。