真心是搞定了日本交通就搞定了日本自由行。东京的交通很发达，以JR为主，但并不复杂，主要景点JR丸之内线就可以搞定，而且景点间都很近。关西的交通相对复杂，参考小气少年部落格，多看几遍就跟自己去过了一样。北海道交通相对简单，以JR为主，每个班次间隔较长，错过一班要等很久，建议先查询时刻表，按时间走，札幌的地下铁啊、巴士啊什么的还是很方便的。打车在轻井泽试过一下，超级贵，如非必要，完全不建议。长时间的选择新干线还是不错的。JR一般自由席位置都是有空位的，不是上下班时间都不是很挤，想舒服一点可以指定席，差别还蛮大的。市营交通一般都比较拥挤，和上海地铁的感觉没有大差。

推荐两个网站：

http://www.hyperdia.com/ja/

http://transit.ekitan.com/index.shtml

两个网站都可以查询换乘方案和行车时间表，根据个人经验，同个车站内换乘，只要不是东京站这种这么复杂的车站，5-10min足够换乘了。

北海道的交通以JR为主，这是北海道JR的官网，可以查询到特急啊，季节限定的班次，一个网站就可以搞定北海道的交通了：

http://www2.jrhokkaido.co.jp/global/cn/railpass/index.html

机场的交通也可以查询机场的官网

关西机场：http://www.kansai-airport.or.jp/cn/route/domdep/index.html

比如，关西机场大巴的时刻表是这个 http://www.kate.co.jp/pc/c_time_table/c_ocat.html

不同的运营商官网是不一样的，之前给的两个网站是不可以查询大部分私铁的交通的，贴几个用得到的。 南海电铁的官网：http://www.howto-osaka.com.c.iv.hp.transer.com/top/top.html

近铁，去奈良最为方便：http://www.kintetsu.co.jp/

奈良市内交通，还是散步比较有意思：http://www.narakotsu.co.jp/language/cn/noriba/index.html

轻井泽免费接驳巴士：http://www.blestoncourt.com/access/shuttle_bus.html

PS：带着大件行李不方便的，可以查询车站内案寻找储物柜的，可以在每个车站都找到行李储物柜，储物柜的标志是一样一样的，都是一个行李箱，一把锁。