虽然古高棉人打赢了战争，但最后他们也没有留在吴哥继续发展，而是回到了金边。可能是因为旧都实在损毁得太过严重无法修复，可能是担心边境地区容易引发战争，还可能是担心洞里萨湖的洪水年年淹没这片土地不便耕耘居住，总之吴哥城就这样再次被荒弃在丛林中，并且随着时间的推移慢慢变成传说，销声匿迹在丛林深处和中国古书中。直到1861年，法国生物学家亨利·穆奥发现了吴哥遗迹，才使得吴哥窟在数百年后重见天日。如今我们所说的吴哥窟不仅仅是几座神殿庙宇，而是整个吴哥王朝在这里修建的全部城池的遗迹群。

之后，在联合国教科文的组织下，各国通过认领的方式对古迹进行修复保护，中国是参与该项目的惟一发展中国家，认领了周萨神庙和茶胶寺。日本人修复了巴扬寺、斑黛喀蒂寺、十二塔庙、吴哥寺的西参道和北藏经阁；意大利修复了比粒寺；德国修复了神牛寺和吴哥寺的雕刻；美国人修复了圣剑寺和塔逊寺；瑞士人修复女王宫；法国人修复了癞王台、豆蔻寺和巴孔寺。