函馆除了市电和巴士，还设有JR站。然而JR站并不适合函馆市内交通，主要是作为长途交通的工具，从JR函馆站出发，向南有去往东京、大阪方向的列车，向北则可去往札幌、小樽等地。值得注意的是，可以乘坐JR从函馆站去往新函馆北斗站以及大沼公园车站，方便快捷，如有去往这两个方向的客人，不妨乘坐JR。