1535年，巴拿马主教伯朗加（Tomas de Berlanga）原本是要去秘鲁裁决印加帝国的征服者弗朗西斯科·皮萨罗（Fransico Pizzaro）和阿尔马格罗（Diego de Almagro）之间的纷争，风暴让他们偏离了航线，直至随着洋流漂落至这片太平洋中的处女地。这位大主教随后返回西班牙本土汇报了情况，并留下了有关这片群岛的最早描述：“上帝好像在此降下一片石雨。”

1570年，佛兰芒地图学家和地理学家亚伯拉罕·奥特柳斯（Abraham Ortelius）在其出版的《世界概貌》（TheatrumOrbisTerrarum）地图中第一次绘制上了这片群岛，群岛被命名为“Insulae de los Galapagos”，该书也被认为是世界上第一本当代地图集。

1593年，英国人第一次登岛，此后这里也一直被英国海盗当作据点，以此打劫往返南美大陆和欧洲大陆之间的西班牙商船。

1684年，英国海盗安布拉斯·考利（Ambrose Cowley）在其环球航行中勘测了加拉帕戈斯各岛，他以海盗同伴、英国王室及贵族为名，为各岛起了名字并将其绘制成海图，加拉帕戈斯群岛海图首次出版面世。

1832年，刚刚从大哥伦比亚共和国解体独立2年的厄瓜多尔政府从西班牙人手中收回了加拉帕戈斯群岛，并赋予其正式的西班牙语名称。

1835年，距离加拉帕戈斯群岛被首次发现整整三百年后，26岁的青年达尔文搭乘“小猎犬”号（Beagle）来到了这里，他在这里逗留了五个星期，登陆过三座岛屿。这艘船已经完成了考察南美大陆海岸的使命，正在离开秘鲁返回英格兰的航向上。登陆者们都想找到巨龟，巴望着吃上烤龟肉，喝上甲鱼汤。但是，在圣克里斯托瓦尔岛岸边，他们一直巨龟都没看到。船长罗伯特·费兹罗伊（Robert FitzRoy）在航海日记中写道：“一堆堆破裂的黑色熔岩让人败兴……数不清的螃蟹和蜥蜴四处爬行……”，他形容鲣鸟的叽喳声是“魔鬼般的怪叫”，他断言“人们初次观览加拉帕戈斯群岛就提不起兴趣来。”然而达尔文却勤勤恳恳地按照诺亚为方舟收集动植物的原则为“小猎犬号”收集动植物——成双成对。在加拉帕戈斯捕获的9类31种鸟，最后成了他革命性理论的朦胧启迪。“这些雀鸟的画像出现在教科书和百科全书上，使一代又一代人皈依了达尔文主义，以至于它们像达尔文本人的浓眉重髯一样，在世界所有国家和地区成为进化进程的象征。”在根据航海日记整理出的回忆录《小猎犬号航海记》的结尾，达尔文为加拉帕戈斯写下了撩人心弦的漂亮句段：“于是，在时空的大限中，我们似乎被带到恢宏的万有之源附近，离秘密中的秘密——地球生命的本源咫尺之遥。”