漠河县是全国气温最低的县份，属于寒温带大陆性季风气候。

冬季在极地大陆气团控制下，气候寒冷、干燥而漫长；夏季受副热带海洋气团的影响，雨量充沛，气候湿热，日照时间长，但易发生洪涝和低温冷害；春季多大风，降水偏少，物燥干旱，易发生森林火灾；秋季降温急剧，常有早霜和冻害发生。

漠河县年平均气温在－5.5℃ 。各月平均气温在0℃ 以下的月份长达8个月之久。