南京的民航客运也是非常发达的，由于南京城市的定位与包容性，让南京禄口机场成为安徽和江苏两个省的人民的专用机场了。南京禄口机场有很多国内发达的航线，诸如南京到丽江、南京到厦门、南京到三亚、南京到西安、南京到青岛、南京到北京、南京到西宁等等诸多航线，这些航线的机票如果运气好的话，可以买到比高铁票还要便宜的机票。

目前的南京禄口机场运能不足，在未来的几年内扩建改造之后，将成为中国吞吐量十强机场。伴随着南京机场高铁专线、南沿江高铁、宁宣高铁和宣绩高铁，将会有更多的客流前往南京禄口机场乘坐飞机。

当前南京禄口机场的机场大巴也是全国为数不多的跨省的，南京现已开通了南京到南通、苏州、无锡、常州、江阴，安徽省境内的芜湖、马鞍山、天长、宣城、宁国和广德等地的机场大巴专线以及异地城市候机楼。如果高铁开通了之后，将实现一小时机场经济圈的皖南黄山、绩溪、歙县，浙江千岛湖，江苏宜兴、溧阳、镇江以及半小时南京都市圈的芜湖、马鞍山、宣城、宁国、广德等地。优质、价廉的机票系统以及方便快捷的机场高铁专线就注定了南京航空客运未来的发展是非常有前途的。