在南京内部交通之中，除了公交车之外，地铁可能是南京最值得一提的了。南京铁路的系统、通车里程均属于全国十强行列。

南京地铁系统是服务于南京市及南京都市圈各地区的城市轨道交通，其前身可以追溯到清朝光绪三十三年的1907年了。南京市首条地铁线路在2005年5月15日正式通车，使南京成为中国大陆第6个开通地铁的城市。

目前南京市拥有南京地铁已开通运营线路共有10条，包括1、2、3、4、10、S1、S3、S7、S8及S9号线，共174座车站，地铁线路总长378千米，线路总长居中国第四位，仅次于上海、北京、广州之后，位居世界第5位，构成覆盖南京全市11个市辖区的地铁网络，南京成为中国第一个区县全部开通地铁的城市。

预计在2023年期间，南京地铁路线将超过1000公里，成为长三角第二大地铁系统的城市。

发达的南京地铁也是全国为数不多的城市当中跨省的城市。目前南京地铁已经到安徽滁州境内了，未来建设的南京到安徽马鞍山博望、芜湖以及宣城的轨道交通，为南京的都市复兴起到了推波助澜的作用。