九州各大城市间的公共铁路网四通八达。火车站一般会设置旅游咨询处和购物商城，同时设有可存放大件行李的储物柜，不难看出，火车站成了游客的落脚点和旅行的大本营，九州之旅也因铁路而更为便利舒适。

此外，针对搭乘日本旅客铁路（JR）旅行的外国旅客，日本铁路部门效仿欧铁通票“Eurail Pass”，特别发售铁路周游券。购券后，游客能以更为实惠的价格周游九州。此次旅行仅限九州地区，建议游客购买JR九州铁路周游券(JR九州rail pass)即可。

市内交通上，可选择公交车、出租车等出行方式。福冈有地铁，长崎则可乘坐市内电车实现市内环游。