科甲巷见证了中国历史上延续了1300多年科举制度，是会理深厚文化底蕴的缩影，为会理列为国家级历史文化名城书写了重要篇章。巷子长156米、宽3.5米，最早因龚姓人家居住于此，称作“龚家巷”。明初，朝廷为征讨西南地区叛将月鲁贴木儿，随军从江南一带迁入部分外籍人士，后来为了加强对西南边陲的统治和开发，又实行了屯垦政策，外籍大户人家不断进入会理。从明代中叶以后，相继在巷内兴建宅院，逐渐形成了以胡、龚、杨、吴、邹、周姓为主的几个大户人家，他们多以办私塾、行医等为业。其后代多有考中科举，在宅院大门上悬挂“大夫第”、“进士第”等牌匾，崇文考学以安身立命、光耀门庭之风兴盛。“龚家巷”改为了“科甲巷”。

巷内宅院知名度最大的是“翰林府”，廖翰林官至贵州学政、翰林院编修。告老还乡时，慈禧太后亲敕匾“荒辟南天”，称赞在西南荒凉偏僻之地居然藏龙卧虎。时间最早的是“胡家大院”，明朝胡氏族人进入会理，直到现在，胡家大院内仍然是胡家后人居住。规模最大的是“吴家大院”，踞科甲巷深处，鼎盛时有五道门、三个照壁、数十间房屋，院落套院落，直到科甲巷尽头。吴家世代书香门第，连出举人、贡生，家运昌盛、隆隆日上，子孙人文蔚起，吴家名动四方，至今仍为人们尊崇的佳话。

民国初，云南军阀占据会理，将科甲巷改名为“福佑里”。中华人民共和国成立，改名为“新生巷”、“新华巷”。1984年，全国地名普查后，才恢复其“科甲巷”旧名。

会理历来是人文荟萃之地，从科甲巷里究竟走出了多少举人、进士、贡生，无法一一追索。据统计，会理明清以来曾考中贡生、举人、进士达390人之多。他们或载入史册，或散落民间，有安邦之栋梁、有时势之英才，灿若星辰，朗照乾坤。