双清别墅位于东南侧，因院中有两股清泉而得名。“双清”二字为乾隆皇帝御笔题写。院内正中有一座六角红亭，旁边是一尊池塘。1949年3月，中共中央进驻香山，中央领导人就住在双清别墅，并在此指挥了解放战争中著名的渡江战役。双清别墅现设有上、下两个展室。