皇祇室位于方泽坛南侧，是供奉皇地祇、五岳、五镇、五陵山、四海、四渎诸神位的殿室（清代增供本朝前六位列圣），每逢“夏至”大祀方泽时，由礼部侍郎将诸神位请至祭坛安置于各相应的神位座上，祭毕又请回此殿安奉，每逢初一、十五由太常寺官员来此上香行礼。