九天应元府为雷神所居之府，俗称雷神庙。取自雷神道号：“九天应元雷声普化天尊”。按道教说法，雷神火也，离位在南方，南属火属电，所以建雷神庙。雷神为替天行道之神，在早期的民间信仰中，雷神是轩辕皇帝的化身，自古为人们敬畏，他不仅给人们带来雨水，而且惩治人间邪恶。道教正一派在一些大型斋醮礼仪中常设有雷神的牌位，并在科仪中有召雷部诸天君的内容。踏进此处陈运和写诗称道：“十几个石雕的小菩萨坐着 正讲述关于九天应元府的轶事 遥远又遥远 曾作为三清宫的一所附属 石垒观宇的梦已十分苍老 入内，便引人注目 站在这儿眺望 眼前会有不尽的思路 小观是一首道教结构的小诗 小诗属一座华夏文化的建筑”。

此建筑为何不简称雷神庙而繁称“九天应元府” ？今据考释，内含诸多隐义：

1、九为阳数之极，为大也，天为至高的尊称，雷有五雷之说，殿名为“九天应元府”五个字，可隐指为九五之尊，天之骄子也。又府居南方离位，离数为九。按自然山势，其位居最高处，亦含有九五之尊和九九归一之义。

2、九天：一说中央与八方，也作九野，比喻皇宫或九州岛万邦。一说天有九重，其中上上天最高，其居九天之最顶，乃玉帝玉皇之住处。天帝统御着九天诸神，而九天诸神又分别按职责管理着人间世界。此处隐九天应元府有天帝所居之尊。

3、前后略称为“九府”，引申为该府殿为官府象征而非庙。如为“九庙”，则是历代帝王为进行宗法统治，供奉先祖的地方，也用以代指封建王朝。

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九天应元府与天一水池、龙虎殿呈南北轴线相连之势，构成了天、地、人三者合一，也即天人合一的至尊王者格局，是三清山明代道教总体建筑布局不可或缺的重要组成之一。