1684年（清康熙二十三年）清政府开放海禁，设粤（在广州）、闽（在厦门）、江（在云台山，今连云港附近）、浙（在宁波）四个海关。1757年（乾隆二十二年）关闭厦门、云台山、宁波三个海关，仅留广州一口对外贸易，粤海关遂居重要地位。皇帝派遣“监督”管理粤海关事务，以满族亲贵充任，具有与总督、巡抚平行而班次略后的官阶。鸦片战争前，粤海关并不直接管理来粤贸易的外国商人，而是通过特许商行——十三行进行管理。鸦片战争后，十三行垄断对外贸易的制度被废除，粤海关开始直接插手外贸管理。第二次鸦片战争时，英国攫取了中国海关管理权。1859年（咸丰九年）10月，海关总税务司英国人李泰国攫夺粤海关行政权，从此粤海关一直为帝国主义所把持，直到广州解放。

2006年05月25日，粤海关旧址被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。