阮公祠主体建筑按晚清风格原样恢复，两边厢房和山门是新建的；主殿两旁用来表现阮元功绩的四幅绢画，用的是杭州最好的丝绸。主殿后的山壁上，有很多摩崖石刻，如“吴山福地”等，都是新发现的。