清顺治初年复加修葺，以后不断重修、续建。清代顺天府学西为学宫，东为文丞相祠、文昌祠。学署旁有名宦、乡贤、忠孝等祠。仪门内明伦堂，大堂3间，堂东北为魁星阁，堂后有崇圣祠，阁后为敬一亭，亭后有尊经阁，阁之西为教授署，崇圣祠西为训导署，大门东即文昌祠，西为棂星门，门后为大成殿。明伦堂大成殿后的学生宿舍和东西斋舍6座，分别称为进德、修业、时习、日新、崇术、立教。府学内原有明洪武年间的“学制碑”。