长岛航海博物馆于庙中各殿两廊均开设了中国造船史、海运史、航海技术史、海上兵事史和郑和纪念馆、妈祖史记馆等专题展室，馆藏各类文物、典籍、航模及图片等1000余件。从古代的鲸舟形陶器、汉代的陶船、隋代的双体船到现代的舰船，真实地记录了我们祖先航海的悠久历史。