该馆由东南大学规划院设计，设计方案采用我国明清时期江淮流域建筑的主流风格，采取了中央殿堂和四隅崇楼的构图模式，典雅凝重、古朴大方。整个博物馆建筑面积5170平方米。      博物馆以东为展厅，主要展示漕运部院遗址出土的文物；西面为多功能报告厅，主要为专家学者研究漕运文化的地方，便于中外游客了解京杭大运河悠久的历史文化，博物馆的入口处为牌坊。