吉貝嶼位於白沙島北方約5.5公里，全島面積約3.1平方公里，為澎湖北海中最大的有人島，全島地勢東高西低，由海積地形組成的沙灘及沙嘴，為本島最大的地形特色，沙灘位在本島西南方，由西崁山南延伸；在沙灘的盡頭，因受海流影響而形成伸入海中的沙咀，全長700餘米，吉貝嶼擁有廣大的潮間帶，島的四周有許多大小石滬聚集，總計約有八十餘座。