三峡祖师庙是三峡人的信仰中心，为三进九开间殿堂式庙宇，与艋舺龙山寺类似，中殿供奉祖师爷，两厢分别供奉日、月神，侧、后殿皆为两层式建筑，清水祖师庙经过三次重建，如今已不单单是间香火鼎盛的庙宇，还是个建筑工艺艺术宝库。