黑水县气候属季风高原型气候，旱、雨季分明，日照充足，气温年差较小，日差较大，并随海拔高度不同差别较大，高山与河谷年均气温差值达20度，县城芦花平均气温9度，年极端最高气温33.5度，极端最低气温-14.4度