南山寺坐南朝北，规模宏大。中轴线上自北而南依次为山门、天王殿、大雄宝殿、法堂；左右有喝云祖堂、陈太傅祠；石佛阁、德星堂、地藏王殿、福日斋。东侧还有城隍庙，后山有塔院等建筑。 山门匾额“南山寺”三字，为明末乡贤、学者、名宦黄道周所书，是南山寺重要文物。