箱馆奉行所是五稜郭公园里面最为重要的建筑，位于整个公园的最中心的区域。箱馆奉行所随着江户幕府的衰败，遭到摧毁。在140年后的2010年，以同样的建材以及传统的日本的建筑技艺，成功地复原。入内参观的门票是500日元。