三门岛自然资源非常丰富，有鱼类293种，盛产无针乌贼、梭子蟹、海胆、石斑龙虾等，是广东省指定的水产资源保护区。这里山峦叠翠、林木茂盛、有植物485种，是个海上动植物乐园。