现存建筑是清同治五年（1866年）重建的，1982年被列为苏州市文物保护单位。由于年久失修，建筑墙体、门窗等损坏严重，本着修旧如旧的原则，2005年7月苏州市对巡抚衙门旧址进行保护性抢修。本次修缮尽可能多地沿用了原有构件，大厅、楼厅、花园、照壁及门梁上的清代彩绘等都修复如初，整体建筑修缮一新，恢复了巡抚衙门的历史原貌