鹿特丹自然史博物馆位于博物馆公园(Museum park)里，与鹿特丹艺术中心比邻而立，有一个大展厅，一个图书馆和若干个办公室。博物馆的主体建筑是用红色的砖修建而成，另外，与其形成鲜明对比的还有一座扩建的玻璃展厅，二者用四座玻璃桥连接了起来。