雅典博物馆在修建的时候，是有很大的争议的，因为在雅典这个古老的城市里面，修建这么一座现代化的玻璃建筑，给人的感觉是很不协调的。卫城博物馆上下两层的主体建筑呈交错式的排列，下面一层主要是按地基的方向修建，而上面的一层则交错了一些角度，目的是为了能够透过大大的落地玻璃与雅典卫城保持视线上的直视。卫城里面发掘出来的古董，很大一部分都保存在卫城博物馆。地板也大多是玻璃的，能够直接看到下面的考古遗址。