菲律宾国家博物馆内藏品主要是本国自然标本比如动物、植物、地质、艺术品、考古发现品和手工艺品。还有艺术、植物、动物、地质、人类学等陈列室。天体馆单独设馆。该馆向学生和群众普及科技知识。