延平郡王祠中珍贵文物丰富，1楼主要陈列史前文物，说明台湾与中国的地缘关系，及先民生活的演进过程，2楼所展览的多为台南历史文物，包括与府城相关的先贤，例如郑成功、沈葆桢等人的画像或遗墨。