药师寺建于天武天皇9年（680年）。1998年，以古奈良的历史遗迹的一部分而列入世界遗产名单之中。[1] 680年，天武天皇为了祈求皇后（即后来的持统天皇）病体早日康复，在藤原京建造了以药师如来为本尊的寺院。但是，寺院尚未完成，天武天皇却不幸去世，继位的持统天皇、文武天皇继续建造寺院，大约于698年建造完成。其后由于都城迁至平城京，寺院于718年迁至现在的地点。当时以被称为 "龙宫" 的金堂为中心，建有东西双塔、讲堂、回廊等众多建筑，其后因973年的火灾和1528年的战火，除东塔和东院堂以外，其它建筑都几乎消失了。