藤子·F·不二雄于1996年因病不幸逝世，享年62岁。博物馆的建设，是藤子大师的妻子藤本正子，为了报答多年来观众的支持而特别企划。博物馆建在藤子大师生前长年居住的川崎市多摩区，欲通过此项博物馆的建设，将藤本大师一生追求的“梦想”、“希望”、“友情”、“勇气”、“好奇心”、以及“善良”等人生格调传达给每一位参观游客。