药用植物园与热带植物园相邻，门票10元，停车免费。药用植物园需园区的讲解员带领方能入内参观。药用植物园创建于1960年，由中科院药用植物研究所海南分所引种建设。 园内种植了很多药用植物，中国四大南药分别为槟榔、巴戟天、益智、阳春砂仁。园内还种有沉香、黄花梨等珍贵树种。“本草留香”四个字体现了南药园的内涵。 沉香木密度高，放入水中会沉底，树干受损伤后会有香脂形成，奇香独特，故名沉香。 香港市花紫荆花，5个花瓣，6根芯，象征56个民族是一家。 这两颗叶子向上长的树称为“时来运转”，讲解员介绍说，人可以顺时针转树，可照树但人不可与之合影，人与其合影会冻结人的时运，因为人的时运是轮流转的。 景区出口是一个关于植物药材的科技展馆和一个出售精油的商店。