藏经阁是西黄寺标志性的建筑，屋内灯光昏黄，比较暗，两侧整齐地摆放着经文、经书，颇有身处西藏寺庙中的味道。楼前硕果累累的10颗柿子树，是由六世班禅当年亲自种下，寓意“事事平安”，现在也都已经长成高大的古树。